避免软件外包系统开发后期二次收费的关键在于前期的合同制定和风险管理。以下是一些具体的策略：

1. 明确需求和合同化：在项目开始之前，明确所有的开发需求，并将这些需求详细列明在合同中。合同中应明确规定项目的范围、计划、各阶段的交付标准，以及可能涉及的变更和费用调整情况。这样可以从根本上杜绝后期可能出现的扯皮现象，确保项目进程的透明公正。

2. 避免低价陷阱：承诺不采用“不合理低价”、“一价全包”等引诱手段，而是签署真实、透明的服务合同，杜绝开发过程中随意增加费用或暗箱操作。

3. 源码安全承诺：保证所提供的程序源码中没有任何后门、恶意代码或代码漏洞，并支持第三方检测。

4. 风险管理：有效的风险管理包括识别潜在风险、评估风险影响、制定风险应对策略、以及持续监控和调整风险管理计划。

5. 成本控制：评估外包服务商的费用，合理分配资源和预算，规划合理的时间表，以及有效管理项目风险，以确保最大程度地降低软件外包的总体成本。

6. 后期维护：在维护阶段，要求软件公司对系统数据做定期的备份，关注服务器资源占用情况，并及时优化系统或升级服务器配置。

7. 不以小时费率作为选择供应商的唯一标准：外包决策不应仅基于报价的高低，而应考虑长期成本，包括可维护性、可用性以及安全性等因素。

通过上述措施，可以在一定程度上避免软件外包系统开发后期的二次收费问题。